A história do Cemitério da Ordem de São Francisco de Paula tem seu inicio na primeira metade do século 19. Na Época era hábito o sepultamento nas Igrejas e suas dependências. Contudo, com o desenvolvimento da cidade essa prática passou a atacar a qualidade de vida da população, por infligir preceitos sanitários, sendo assim proibida por lei.
Ao tempo que era impedido o sepultamento, a Ordem Terceira de São Francisco de Paula mantinha ao lado do templo um espaço destinado a enterrar os despojos dos irmãos. Contudo o número de funerais aumentava cada vez mais, de maneira que o espaço ocupado pelas catacumbas se tornava restrito e tal situação, aliada ao aspecto pertinente são salubridade pública, fez com que a administração da Ordem cogitasse com urgência como solução para o problema.
Ainda assim, a tarefa não foi uma das mais fáceis. Embora, essa metida permitisse remover os restos mortais que jaziam nas catacumbas, facilitando ainda a construção de novas sepulturas que seriam destinadas aos irmãos, inúmeras percalços ocorreram. Responsável pela tarefa o Irmão Corretor Manoel Pinto da Fonseca e completada com os Irmãos Mesários é Manoel Machado Coelho e Dr. Lu§¤-s Fortunato de Brito, a qual, em sessão da Mesa, de 2 de Março de 1849, comunicava que havia encontrado uma chácara na Rua do Catumbi, N° 22, que possui-a um espaço que viabilizasse a construção do cemitério.
O terreno avaliado em trinta e cinco contos de reais, acrescido de sete contos para despesas complementares foi adquirido pela própria comissão que se p§¤?s como responsável pelo pagamento mesmo sem a aprovação da Ordem, que não vivia uma situação financeira que comportasse a compra. Com isso, era fundado o primeiro cemitério extramuros na cidade, pois é o aquele momento existia somente o São Francisco Xavier, no Caju, construção-do dez anos ates e pertencente à Santa Casa de Misericórdia.
Estabelecido, cabia agora pedir a autorização do Governo Imperial para a criação do Cemitério da Ordem de São Francisco de Paula. Coube, então, ao Ministro do Império Visconde de Monte Alegre que consultasse a autoridade competente a Imperial Academia de Medicina e esta designasse uma comissão que estudasse a avaliasse o caso. Essa comissão aprovou, na sessão de 11 de Março daquele mesmo ano, aquisiçãoo do terreno com as seguintes resoluções:
* Decretar fundos para atender o pagamento, já que se possuí-a uma pequena quantia em caixa, sendo ela arrecadada pelos mesários e benfeitores;
* Autorizar a Mesa Definitária a manda levantar a planta do terreno e conseguir a licença para as obras;
* Aplicar anualmente nas obras do cemitério, depois de pago o terreno, os excedentes da receita da Ordem até a quantia de doze contos de réis.
Em 2 de abril de 1849, o Ministro Visconde de Monte Alegre enviava á Ordem o aviso aprovando a criação do Cemitério e mais tarde, 19 de Outubro, a planta para a construção, bem como o regulamento no qual introduzira algumas modificades. Nesse mesmo período foi cogitada a divisão do terreno para a venda para outras Ordens que pretendessem criar seus cemitérios. Entretanto, essa ideia nãoo ganhou força, visto que, com o passar do tempo, seria necessário a Ordem maior espaço para sepultar ás vitimas da epidemia de febre amarela que assolava a cidade.